Η ΑΤΕΠΕ ειδικεύεται στη διατήρηση της βιοποικιλότητας και των οικοσυστημάτων.

Πραγματοποιεί μελέτες και προγράμματα για τη διατήρηση, την ορθολογική διαχείριση και την ανάδειξη των φυσικών οικοσυστημάτων.

Προστασία Χερσαίων και Θαλάσσιων Ειδών Διαχείριση Περιοχών Προστασίας Δικτύου NATURA 2000 Οικολογική Αποκατάσταση Χερσαίων, Παράκτιων και Υδάτινων Τόπων Οικοσυστήματα και Βιώσιμη Ανάπτυξη Κέντρα Ενημέρωσης - Ερμηνεία Περιβάλλοντος